今年の10月にはこんな話もありましたな。

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「西郷隆盛や新選組、靖国合祀を」　石原氏らが申入書

2016年10月12日19時46分

　西郷隆盛や新選組、白虎隊も靖国に合祀（ごうし）を――。石原慎太郎・元東京都知事や亀井静香衆院議員らが１２日、東京・靖国神社を訪れ、国家に敵対した「賊軍」と称される人々の合祀を求める申入書を渡した。

　申入書では、中曽根康弘氏、森喜朗氏ら元首相をはじめ、与野党の国会議員、経済人らが賛同者に名を連ねた。靖国には国家側で戦った官軍だけがまつられ、賊軍は除外されている。申入書は２０１８年に明治維新から１５０年を迎えることを踏まえ、「近代日本のために志を持って行動したことは、勝者・敗者の別なく認められるべきだ」として合祀を求めている。

　亀井氏によると、応対した徳川康久宮司は「ただちにそういたしますとは言えません」と答えたという。

http://www.asahi.com/articles/ASJBD5HRTJBDUTFK017.html

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下記は地方の護国神社での事例。これだけではよく分からないねぇ。

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1985年（昭和60年）旧Ｎ大学本部跡地から東軍戦死者のものと思われる92体分の遺骨が発見され、護國神社敷地内にある「戊辰役殉難者墓苑」に埋葬されて、1987年（昭和62年）に「戊辰役東軍慰霊碑」を建てた。(wikiより)